　別院の創建について『寺籍簿』には、その前身の佐世保説教場が、明治23年（１８９０）、古川現成によって開設されたと記されています。
　他方、別院の記録では、明治32年（１８９９）に説教場として設立が許可され、同3７年に設置されたとも伝えられますが、建立の経緯は残念ながら明らかではありません。
　『宗報』80号（明治41年）には、「佐世保説教場在勤」の任免も見られ、既に当時は、宗派による運営だったと考えられます。

　宗祖６５０回御遠忌を目前に控えた明治４２年（１９０９）法主（当時）彰如上人は、法義引立のため、長崎方面に巡化し、１０月２０日には鎮主府を表敬訪問され、佐世保説教場にて帰敬式を行い、２０９名が受式なさいました。
　この年、御遠忌の三大網領「門末信念の養成・本廟維持の確立・遠忌準備の進捗」を徹底するため、法主自らが全国巡化の決意を表明し、これに呼応して当地では「佐世保説教場創立」が企てられました。翌４３年５月２５、６の両日に地鎮式、１０月１日上棟式、４４年５月２０日には、盛大に入仏式が挙行されました。

　説教場から別院の昇格は、『寺籍簿』には大正１５年１２月３日、長崎県知事名で「改称ノ件許可ス」とあります。崇敬区域は当初、市内とその周辺部でありましたが、昭和６０年に長崎教区全域に広げられました。
　別院の名にふさわしい八間四面の本堂は、昭和２０年６月２８日の大空襲にも焼け残り、市内では貴重な木造建築物のひとつです。